Строительство Римско-католического собора в Ташкенте началось по инициативе о.Иустина Бонавентуры Пранайтиса в 1912 году на выкупленной им земле на берегу речки Салар. Автором первоначального проекта был архитектор Л. Павловский. К тому времени число католиков в Туркестане превышало 11 тысяч. В основном это были представители европейских народов, заселявших край (поляки, литовцы, чехи, немцы, французы, латыши, венгры), из числа ссыльных, военнослужащих царской армии, военнопленных и беженцев.

Куратор всех католических церквей Туркестанского края в 1902-1917 (вплоть до смерти) отец Иустин Бонавентура Пранайтис (Pranaitis) (1861–1917) Был префектом и преподавателем древнееврейского языка в Римско-католической Духовной академии в С.-Петербурге, каноник (член епископского совета), магистр богословия. Автор официально одобренного католическим епископатом, изданного в 1892 году и переведенного на многие языки солидного научного труда "Christianus in Talmude Iudaeorum sive Rabbinicae doctrinae de Christianis secreta" (рус. изд.: "Христиане в Талмуде еврейском или тайны раввинского учения о христианах", Спб., 1911), в котором он привел все оскорбительные для христиан места. В 1901 г. награжден орденом Станислава 3-й степени. В 1902 г. был переведен из столицы в Ташкент после того, как его обвинили в прозелитизме среди православных.
Выступая в качестве эксперта на процессе 1913 г. по обвинению еврея Менахема Менделя Бейлиса в ритуальном убийстве 12-летнего ученика подготовительного класса Киево-Софийского духовного училища Андрея Ющинского 12 марта 1911 года убедительно показал, каким образом некоторые места в Талмуде могут быть интерпретированы как предписания к совершению ритуальных убийств, а также привел массу примеров совершения таких убийств в прошлом. Стремясь опорочить его экспертизу, евреи выпустили брошюру "Пранайтис как самовольный обличитель Талмуда", выставив его "неучем" и "аморальным человеком". Однако епископ Иоанн Цепляк Администратор Могилевской архиепархии подчеркнул «нравственные стороны ксендза Пранайтиса, его безупречный, примерный образ жизни, его доброту, с какой он относится ко всем без различия национальности и религии» ("Новое время", окт. 1913). Экспертиза Пранайтиса вышла отдельным изданием: Пранайтис И.Б. "Тайна крови" у евреев. Спб., 1913
Под его руководством были построены костелы в Ашхабаде, Кызыл-Арвате (Туркменистан), Фергане, Бухаре, Самарканде, временный костел-часовня в Ташкенте, а также началось строительство ныне действующего храма. О. Пранайтис возглавил и созданное им Туркестанское римско-католическое благотворительное общество, организовавшее в дальнейшем, особенно в годы Первой мировой войны, приюты для детей-сирот, стариков, беженцев.

После смерти о. Пранайтиса его преемник о. Болеслав Рутенис старался продолжить дело своего предшественника, но из-за иудео-большевистского переворота костел так и остался недостроенным.В 1925 году здание было национализировано и в нем в разное время размещались различные организации: общежитие Электрокабельного завода и Республиканской акушерской школы, управление и склад Медтехники. Каждая из них перестраивала здание под свои нужды. Затем оно и вовсе было заброшено, уникальные декоративные скульптуры, украшавшие костел, были частично разворованы, оставшиеся - разрушены.
До 1937 г. пастырем оставшихся прихожан был о. Иосиф Совинский, который тайно проводил мессы и католические обряды, но был арестован по обвинению в контрреволюционной пропаганде и агитации и в том же году расстрелян. С этого времени католики в Узбекистане не имели своих храмов и действительных приходов. Лишь в 1987 г. был зарегистрирован католический приход в Фергане, а в 1990 г., благодаря усилиям о. Иосифа Свидницкого, - в Ташкенте.
В 1992 году католики ташкентского прихода обратились в Министерство культуры Узбекистана (которому в 1976 году было передано здание собора, как памятника архитектуры, для реставрации и использования под зал органной музыки) и Республиканское управление общества охраны памятников с тем, чтобы им был возвращен полуразрушенный костел для его реставрации и дальнейшего использование как здания религиозного и культурного назначения.В январе 1993 года началось возрождение костела из руин к жизни.Новый проект был выполнен ташкентским архитектором С. Адамовым и конструктором А.Пономаревым. Настоятель прихода о. Кшиштоф Кукулка взял на себя все вопросы по организации строительства и лично следил за его ходом.
22 октября 2000 года возрожденный костел Под воззванием Святейшего Сердца Иисуса был освящен архиепископом Марианом Олесем - Апольстольским нунцием в Казахстане и Средней Азии с 1994 по 2001 годы.
Так, спустя 88 лет, дело начатое о. Иустином Бонавентурой Пранайтисом - строительство костела в Ташкенте, - завершилось. Однако строительные работы, связанные в основном с внутренней отделкой помещений продолжаются и сегодня.

Крипта-часовня - самое старое помещение, построенное до 1916 года. В ней проводится Святая Месса в будние дни



Зал Святого Антония - самый большой на первом этаже. Его украшает мозаичное панно, символизирующее Тайну Святейшего Сердца Иисуса, выполненное в сильно модернистском духе



и статуя Св. Антония Великого с младенцем Христом на руках



На втором этаже расположен главный зал храма, в котором служится Святая Месса в воскресенье и праздничные дни.
В алтарной части над дарохранительницей, символизирующей центр вселенной, - скульптура Вознесения, высотой 2,3 м (медь, чеканка), также выполненная в весьма модернистском стиле



Цветные витражи изготовлены в польском городе Свидница по эскизам польских и узбекских художников. Часть из них отражают стилистику узбекского национального орнамента



Над главным входом в зал установлен 26-голосный орган - подарок Боннского прихода Св. Павла



Колокол Св. Магдалины (вес 130 кг) подарен приходу в 1997 году послом Франции в Узбекистане.Был отлит в Каменск-Уральске. В 200 году освящен епископом Павлом Ленгой



В настоящее время в Узбекистане официально зарегистрированы 5 приходов: в Ташкенте, Самарканде, Бухаре, Фергане и Ургенче, в республике постоянно находятся католические священники и монашествующие Братья-францисканцы, а также миссионерки Ордена Божественной Любви (сестры Матери Терезы).